工学研究院は、9部門34分野で構成され、学問の継承および創造を通じて、科学技術の高度化、学際化、国際化等に対応した工学分野の基礎研究および応用研究を行うとともに、工学系若手教員、研究者の育成に務めます。 なお、工学研究院にこれまでのエネルギー変換マテリアル研究センターが、エネルギー・マテリアル融合領域研究センターとして設置されました。同センターは5研究分野で構成され、マテリアルの開発に関する研究を行うことを主体としています。